（一）免疫荧光标记常用的荧光染料
　　FITC（异硫氰酸荧光素）：绿色530nm
　　PE（藻红蛋白）：橙黄色575nm
　　PerCP（多甲藻黄素叶绿素蛋白）：深红色675nm
　　PI（碘化丙啶）：橙红色620nm
　　488nm波长的氩离子激光激发
　　APC（别藻青蛋白）：红色660nm
　　630nm波长的氦氖激光或红色二极管激光激发
Cy3：激发波长488nm，最大发射波长570nm。1）其标记的抗体适用于所有配备488nm氩离子激光器的流式细胞仪；2）FL2通道检测；3）为小分子染料，非常适合需小分子染料的流式细胞术，荧光强度低于PE。
Cy5：激发波长633/635nm，最大发射波长670nm。1）其标记的抗体适用于所有配备633nm氩离子激光器的流式细胞仪；2）FL4通道检测；3）小分子染料，非常适合需小分子染料的流式细胞术，荧光强度低于APC。4）与单核和粒细胞非特异性结合多，易出现假阳性结果。
　　（二）免疫荧光标记
　　常用的标记染色为直接免疫荧光染色和间接免疫荧光染色。在进行双参数或多参数分析时，常常需要进行荧光抗体的组合标记，目前已经有双色、三色以及四色标记。
　　（三）细胞自发荧光
　　自发荧光信号为噪声信号，在多数情况下会干扰对特异荧光信号的分辨和测量。在免疫细胞化学等测量中，对于结合水平不高的荧光抗体来说，如何提高信噪比是个关键。一般说来，细胞成分中能够产生自发荧光的分子（例如核黄素、细胞色素等）的含量越高，自发荧光越强；培养细胞中死细胞／活细胞比例越高，自发荧光越强；细胞样品中所含亮细胞的比例越高，自发荧光越强。
荧光染料在吸收紫外线或可见光后，能把短波长的光转变为波长较长的可见光波而反射出来，呈闪亮的鲜艳色彩。泛指吸收某一波长的光波后能发射出另一波长大于吸收光的光波的物质。它们大多是含有苯环或杂环并带有共轭双键的化合.